Пд 6 размеры плита: Дорожная плита колодца ПД-6 — М-ЖБИ

На этой вкладке кратко представлена ​​цель приложения, показана последняя версия пакета, объясняет, как поддержать нашу работу, цитируя соответствующую статью и предоставляя контактную информацию.

Домашняя страница при запуске wpm

3.4 Вкладка

В целом страница состоит из двух разделов.

Тот, что слева, содержит все этапы настройки. Он разделен на 7 основных шагов, подробно описанных ниже. это крайне важно правильно указать все ограничения для генерации желаемого карты пластин.

Правая сторона суммирует входные параметры (настроенные по 7 шагам левой панели), а также выбранный (пустой) макет планшета. Правый раздел автоматически обновляется каждый раз при изменении параметра в левой части.

Панель параметров

3.4.1 Шаг 1. Загрузите набор данных

Сначала необходимо загрузить Значения, разделенные запятыми (. CSV) или текстовый файл (.txt). Этот файл содержит по крайней мере одну часть информации: список имен образцов.

Также можно предоставить файл, содержащий несколько других переменных, описывающих данные, как в примере ниже:

ВАЖНО Убедитесь, что данные в CSV-файле соответствуют следующему КОНКРЕТНОМУ ПОРЯДКУ столбцов: Примеры имен в первом столбце и другие переменные в других столбцах, как в примере ниже (если есть имена строк, то Образцы Колонка должна быть второй в файле. ):

 Образец;Тип;Обработка
с1;А;тр1
с2;А;тр1
s3;Б;Ctrl
s4;C;Ctrl 

Если вы впервые используете WPM, мы рекомендуем протестировать возможности WPM с использованием демонстрационного набора данных (вкладка «Загрузить демонстрационный набор данных»).

Во-вторых, вы должны указать, есть ли в вашем файле кавычки или нет (Если вы используете демонстрационный набор данных, это необязательный параметр.) :

По умолчанию нет , что означает, что в вашем файле нет » или ’ символов. Если вы выберете соответствующую цитату, вы сможете:

• проверить, есть ли в вашем файле заголовок и имена строк .
• выберите соответствующий разделитель поля. По умолчанию используется точка с запятой ( «;» )

Затем вы можете выбрать одну из переменных, которую хотите использовать в качестве группировки. фактор для WPM.
: В окончательном наборе данных этот столбец будет переименован в «Группа».

Выберите коэффициент группировки

Имена, которые вы даете столбцам в файле CSV, не имеют значения, поскольку WPM создаст новый набор данных, имеющий 3 поля: «Образец» , «Группа» и «ID» .

Вы увидите свой набор данных в правой части окна, а также другой набор данных. который будет использоваться WPM для создания карты (карт).
Каждому образцу присваивается уникальный идентификатор, который будет использоваться для его имени. на карты планшетов (подробнее об ID см. в разделе «Результаты»).

Визуализация набора данных

ВАЖНО Убедитесь, что набор данных правильно отображается справа окно и правильность количества образцов/групп.
Если вы видите, что общее количество выборок неверно, это означает, что у вас есть не выбраны подходящие варианты среди описанных выше, поэтому необходимы исправления.

3.

Этот шаг является обязательным. Он будет использоваться в названиях сюжетов, а также в выходных данных. имена файлов. Кроме того, он должен быть объединен с идентификаторами образцов, чтобы избежать путаницы.

3.4.3 Шаг 3: Размеры пластин

Здесь необходимо указать размеры пластин и их количество. В настоящее время ВПМ поддерживает размеры планшетов на 6, 24, 48, 96, 386, 1534 лунок; а также нестандартные размеры (где вы вручную указываете количество строк и столбцов).

Справа от шага 2 вы можете увидеть информационное окно, предупреждающее вас о том, что WPM распределит образцы в чашках сбалансированным образом (если есть их несколько).

сбалансированное сообщение

Если вы выберете размер планшета, совместимый с общим количеством образцов, вы увидите два синих прямоугольника и план тарелки справа. Они обобщают все элементы вашей конфигурации. В приведенном ниже примере мы выбрали предварительно определенный размер 96 лунок и только одна пластина:

пример размеров пластины

В правой части панели будут представлены все эти параметры:

сводка параметров

Этот график обновляется при каждом изменении параметров, таким образом можно увидеть, если кто-то сделал ошибку.

ВАЖНО : Если WPM обнаруживает проблему или несовместимость между параметрами, вместо карты номерного знака вы увидите сообщение об ошибке с подсказками о возможном происхождении проблемы.

Пример сообщения об ошибке

3.4.4 Шаг 4: Запрещенные лунки

На этом шаге перечислены Запрещенные лунки , если есть (необязательно):

A Запретный колодец также не будет заполнен никакими образцами. потому что пользователь не хочет ( напр. углов плиты в случае неравномерности распределение тепла), или из-за материальных ограничений ( например, грязные колодцы, сломанные пипетки).

Заполняете текстовый ввод координатами скважин (комбинацией буквы и цифры, как в примере ниже):

Пример запрещенных скважин, перечисленных в текстовом вводе

Вы увидите обновленный график в правой части:

Обновленный график с запрещенными скважинами

Скважины, заполненные запрещенными скважинами будет «запрещено» ID в окончательный набор данных. На получившейся карте эти колодцы будут окрашены в красный цвет.

3.4.5 Шаг 5: Буферы

На этом этапе можно указать лунки, соответствующие буферам, если любые.

Буферная лунка соответствует лунке, заполненной раствором, но без биологического материала (, например, , чтобы избежать/проверить перекрестное загрязнение).

Для размещения буферов доступно пять шаблонов:

1) без буферов : на планшетах не будет буфера.

2) На строку : Автоматически размещает буферы через каждую вторую строку. Вы можете начать размещение в четном или нечетном ряду.

Пример построчного режима с четным параметром

3) По столбцу : Автоматически размещает буферы через каждый второй столбец. Вы можете начать размещение в четной или нечетной колонке.

Пример режима «По столбцам» с четным параметром

4) Шахматная доска : Автоматически размещает буферы в виде шахматной доски.

Режим шахматной доски

5) Выберите вручную : Это та же процедура, что и для указания запрещенных колодцы.

3.4.5.1 Укажите ограничения соседства

Это пространственные ограничения, которые WPM должен учитывать при проектировании пластин. В настоящее время предлагается 4 их типа. Обратите внимание, что шаблоны доступны только если они совместимы с выбранным шаблоном буфера. Здесь возникает вопрос: должны ли образцы из одной и той же группы находиться рядом?

Схематически пространственные ограничения можно обобщить следующим образом (синяя well – текущая скважина, оцененная WPM; Колодцы в зеленом цвете — это те оценивается на соответствие выбранному ограничению. Синий колодец поэтому имеет возможность (но не обязанность, так как заполнение таблички производится случайным образом) для заполнения образцом, принадлежащим к той же группе, что и образцы в оцениваемых скважинах.

NS (север-юг): образцы из одной группы не размещаются рядом по столбцам.

WE (Запад-Восток): образцы из одной группы не размещаются рядом построчно.

NSEW (Северо-Юго-Восток-Запад): образцы из одной группы не размещаются рядом либо по строкам, либо по столбцам.

Нет: образцы из одной группы можно размещать где угодно, в том числе рядом.

Лунки, заполненные буферным раствором, будут иметь идентификатор «буфер» ID в окончательный набор данных. На полученной карте эти скважины будут окрашены в серый цвет.

3.4.6 Шаг 6: Фиксированные пробы

На этом этапе можно указать лунки, соответствующие фиксированным образцы, если они есть.

Фиксированный образец соответствует образцу или стандарту контроля качества. Точное местонахождение этих образцов должно контролироваться исследователем.

Этот шаг работает точно так же, как запрещенный колодец шаг. Единственное отличие состоит в том, что фиксированные образцы появится черный по сюжету.

Фиксированные образцы будут иметь «фиксированный» идентификатор в окончательный набор данных.

3.4.7 Количество итераций

Выберите максимальное количество итераций для поиска решения, затем запустите WPM, нажав кнопку «запустить WPM» . Если образцы не имеют группы, то образцы будут размещены на тарелках совершенно случайным образом. Если есть группы, WPM использовать алгоритм, основанный на алгоритме поиска с возвратом (чтобы поместить образцы в лунках при соблюдении указанных ограничений).

Значение по умолчанию — 20, но если ваша конфигурация несколько сложна, тогда рекомендуется увеличить количество.

Итерация соответствует попытке WPM найти решение. используемый алгоритм не полностью откатывается назад: WPM останавливается, как только нет больше возможностей для доработки текущего решения; затем он начинает с нуля карту плиты, пока не будет найдено решение, удовлетворяющее всем ограничениям. При таком подходе исследуются не все возможные комбинации, но сократить время выполнения.

Когда вы начинаете вычисления, появляется индикатор выполнения.

Если WPM найдет решение, вы увидите это всплывающее окно в браузере, приглашающее вас перейдите на панель результатов:

WPM успешно выполнен

Если WPM не работает, появится сообщение об ошибке, предлагающее повторить попытку:

WPM не удалось

ВАЖНО Если после запуска WPM и получения результатов вы понимаете что один или несколько параметров не работают, вы всегда можете вернуться к вкладку «Параметры» и измените их. Данные, отображаемые на вкладке «Результаты», будут не измениться автоматически, вам нужно будет снова нажать «запустить WPM» кнопку, чтобы принять во внимание новые изменения.

ПРИМЕЧАНИЕ Если вы хотите создать новый план пластин для другого проекта, нажмите ctrl + f5 , это сбросит приложение.

3.

Панель результатов позволяет просмотреть окончательный набор данных, содержащий скважину. выбранный для каждого образца, а также график вашей окончательной карты лунок. Датафрейм и сюжеты скачиваются отдельно.

Окончательный кадр данных

Набор данных содержит 7 столбцов, содержащих всю информацию, необходимую для реализации эксперимент: название образца с соответствующей группой; его идентификатор для сюжета; хорошо выбранный; строка и столбец, которым соответствует лунка; и номер планшета, на который необходимо поместить образец.

На этой вкладке также отображаются сгенерированные графики окончательной карты луночного планшета. Один цвет соответствует одной групповой метке. Цифры — это идентификаторы, используемые в место имен образцов, которые могут быть слишком длинными, чтобы сохранить читаемость графика.

Ниже приведен пример 80 образцов, разделенных на 10 групп (разных размеров) и размещенных на Планшет с 96 лунками, с ограничением соседства Север-Юг-Восток-Запад:

Карта планшета

Как объяснялось ранее, WPM также можно использовать через командные строки R с помощью следующие шаги:

1. Преобразование набора данных в правильный формат
2. Запустить WPM
3. Визуализировать окончательный план(ы) пластины

4.

Пользователь может работать с файлами CSV, ExpressionSet , MSnSet или Суммарный эксперимент объекта. Первым шагом является создание фрейма данных, содержащего всю необходимую информацию для WPM. работать правильно. В частности, необходимо указать, какой столбец в файле соответствует фактору группировки, если таковой имеется.

4.1.1 Начиная с CSV-файла:

 import_csv <- wpm::convertCSV("path-to-CSV-file") 

4.1.2 Начиная с

Затем запустите convertESet , указав объект и переменную для использования в качестве коэффициент группировки для образцов:

 df <- wpm::convertESet(my_MSnSet_object, "Environment") 

4.

 nrows <- 200
кол <- 6
counts <- matrix(runif(nrows * ncols, 1, 1e4), nrows)
colData <- data.frame(Treatment=rep(c("ChIP", "Input"), 3),
                      row.names=БУКВЫ[1:6])
se <- SummarizedExperiment::SummarizedExperiment(assays=list(counts=counts),
                                                 colData=colData)
df <- wpm::convertSE(se, "Лечение") 

Для получения более подробной информации о функциях используйте команду ?wpm:: R.

4.2 Запуск WPM

Следующим шагом является запуск функции wrapperWPM , задав ей все параметры необходимо:

• Фрейм данных, созданный с помощью convertXXX функций
• Размеры плиты
• Количество тарелок для заполнения
• Запретные колодцы (колодцы, которые вообще нельзя заполнять для эксперимента)
• Буферные лунки (лунки, где будет раствор без биологического материала)
• Положение фиксированных проб
• Пространственное ограничение, которое необходимо соблюдать при рандомизации выборок
• Максимальное количество попыток WPM найти допустимое решение

4.

В примере с работающей игрушкой (см. фрагменты кода) мы не указываем ни одного буфера.

 wpm_result <- wpm::wrapperWPM(user_df = import_csv$df_wpm,
            plate_dims = список (8,12),
            nb_plates = 1,
            запрещенные_колодцы = "А1,А2,А3",
            фиксированные_колодцы = "B1,B2",
            пространственное_ограничение = "NS") 

4.2.2 При использовании R-структурированного набора данных (

 wpm_result <- wpm::wrapperWPM(user_df = df,
            plate_dims = список (8,12),
            nb_plates = 1,
            запрещенные_колодцы = "А1,А2,А3",
            фиксированные_колодцы = "B1,B2",
            space_constraint = "NS") 

 ## 2022-11-01 19:40:32.472456 INFO::max_iteration: 20
## 2022-11-01 19:40:32.497165 INFO:backtrack/map:nrow(c): 6
## 2022-11-01 19:40:32.5152 INFO::номер 1
## 2022-11-01 19:40:32. 538695 ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ:fonctions.generateMapPlate:количество попыток: 1
## 2022-11-01 19:40:32.54199 INFO:backtracking:class(new_df): data.frame 

Подробнее см. ?wpm::wrapperWPM

4.3 Визуализация карты пластин

Последний шаг для создания визуального вывода сгенерированного плана(ов) пластины используя функцию drawMap() :

 drawed_map <- wpm::drawMap(df = wpm_result,
        sample_gps = длина (уровни (as.factor (colData $ Treatment))),
        gp_levels = gp_lvl <-levels(as.factor(colData$Treatment)),
        пластины_линии = 8,
        тарелка_cols = 12,
        project_title = "название моего проекта") 

drawed_map 

Подробнее см. ?wpm::drawMap

Графики можно сохранять с помощью:

    имя_файла = "имя моего файла",
    сюжет = нарисованная_карта,
    ширина = 10,
    высота = 7,
    единицы = "в"
) 

ВАЖНО Если указано несколько планшетов, то wpm_result будет список, содержащий набор данных для каждой сгенерированной пластины . Затем к каждому из них можно получить доступ с помощью wpm_result[[numberOfThePlate]] :

 номер пластины <- 1
drawed_map <- wpm::drawMap(df = wpm_result[[numberOfThePlate]],
        sample_gps = длина (уровни (as.factor (pd $ Environment))),
        gp_levels = gp_lvl <- уровни (as.factor (pd $ Environment)),
        пластины_линии = 8,
        тарелка_cols = 12,
        project_title = "название моего проекта") 

Борхес, Х., Гессе, А.М., Краут, А., Куте, Ю., Брун, В., и Бургер, Т. (2021). Well Plate Maker: удобное приложение для создания рандомизированных блоков, позволяющее ограничить эффекты группового анализа в крупномасштабных биомедицинских исследованиях. Биоинформатика (ссылка на публикацию).

JOHNSON SYSTEMS INC. | Профессиональные продукты и системы управления освещением для экономичной установки и модернизации. Специализируется на полном цифровом преобразовании и модернизации существующих диммеров в соответствии с современными технологиями.

info@johnsonsystems.com

Copyright © 2022, Johnson Systems Inc.