Модификации мтз: МТЗ Belarus (весь модельный ряд) цены и характеристики, отзывы, фото и обзоры

В 1966 году Совет Министров СССР приказал Минскому тракторному заводу разработать колесный трактор мощностью от 75 до 80 л.с. и тяговым усилием 14 килоньютон.Базой послужил уже находившийся в серийном производстве МТЗ-50, а в 1972 году были проведены испытания опытных образцов. Серийное производство началось в 1974 году, ^[2] по другим данным еще в четвертом квартале 1973 года. ^[3]

Даже если внешний вид МТЗ-80 с первых лет очень похож на его предшественник кроме решетки радиатора и незначительных изменений в салоне, существенных изменений не было. Помимо увеличения мощности двигателя на 25 л.с., было установлено дополнительное понижение.Это удвоило количество доступных передач или рабочих скоростей. Максимальная скорость выросла почти до 35 км / ч, было переработано сцепление. Кроме того, на заводе были переработаны блокировка дифференциала, гидравлическая система и вал отбора мощности, которые теперь можно было переключать между двумя рабочими скоростями. ^[2]

С 1979 года автомобиль поставлялся с полностью новой кабиной. Благодаря использованию значительно большего количества остекления круговой обзор был значительно улучшен, а у водителя также появилось значительно больше свободного места.Боковые и задние стекла теперь можно было открывать, устанавливать обогреватель и вносить различные другие улучшения. В ГДР с 1977 г. импортировались МТЗ-80, а с 1978 г. — МТЗ-82. ^[4] В конце 1988 г. в парке сельскохозяйственных производственных кооперативов насчитывалось 9 751 машина типа МТЗ-80, из которых почти 90% были импортированы до 1980 г. и лишь немногим более 10% после 1980 г. ^{[5 ]}

Завод выпускает усовершенствованную версию МТЗ-80.1 с 1995 года, но с незначительными изменениями.До 1995 года включительно было выпущено 1 496 000 экземпляров МТЗ-80 всех модификаций (включая МТЗ-82), ^{[6] [7]} , что делает машину самым успешным продуктом Минского тракторного завода.

Варианты моделей

На протяжении десятилетий были и существуют модификации моделей МТЗ-80, адаптированные для различных целей. После распада Советского Союза предлагалось все больше и больше модернизированных версий, которые отличаются особенно визуально, а также имеют другую схему нумерации. ^{[8] [9]}

• МТЗ-80 — базовая версия, выпускалась с 1974 по 1995 год.
• МТЗ-80.1 — Базовая версия, выпускается с 1995 г., постоянно оснащается модернизированной кабиной водителя.
• МТЗ-82 — модель с полным приводом, от которой в свою очередь произошли собственные версии.
• МТЗ-80Л — Версия, специально оборудованная для лесных работ. В двигатель были внесены различные незначительные изменения и установлены колеса большего размера, чтобы увеличить максимальную скорость до 36 км / ч.
• MTZ-80W — Создан для работы на корнеплодах и оборудован модифицированной передачей.
• МТЗ-80Ч — трехколесный вариант для выращивания хлопка, который строился и эксплуатировался в Узбекистане на Ташкентском тракторном заводе.
• МТЗ-80ЧМ — МТЗ-80Х с доработанным двигателем.
• МТЗ-80Ч.1 — Обновленная версия МТЗ-80Ч, по состоянию на 2016 год все еще предлагается производителем.
• МТЗ-90 — экспортный вариант мощностью 90 л.с. (66 кВт) с одинарным верхом.
• МТЗ-900.3 — Полностью переработанная модель мощностью 84,3 л.с. (62 кВт) с новым кузовом.

Кишинёвский тракторный завод, выпускавшийся с 1974 по 2008 год с трактором Т-70 , гусеничным трактором в качестве подвески.

Технические характеристики

Данные относятся к производимой в настоящее время модели МТЗ-80.1, но мало изменились с момента начала производства. ^[10]

• Двигатель: четырехцилиндровый четырехтактный дизельный двигатель с непосредственным впрыском
• Тип двигателя: «Д-243»
• Мощность: 81.6 л.с. (60 кВт)
• Рабочий объем: 4750 см³
• Диаметр цилиндра: 110 мм
• Ступица: 125 мм
• Крутящий момент: 298 Нм
• максимальная скорость: 2200 мин ⁻¹
• Емкость бака: 130 л
• Сцепление: однодисковое сухое сцепление
• Трансмиссия: механическая, 18 передач переднего хода + 4 передачи заднего хода
• Максимальная скорость: 34,3 км / ч вперед, 9,22 км / ч назад
• ВОМ: реверсивный, 540 или 1000 мин. ^-1
• Гидравлическая система: трехточечная гидравлика сзади, грузоподъемность около 3200 кг
• Формула привода: 4 × 2

Размеры и масса

• Длина: 4120 мм
• Ширина: 1970 мм
• Высота: 2780 мм (до рулевого колеса)
• Дорожный просвет: 645 мм (под передним мостом)
• Колесная база : 2370 мм
• Колея передняя: 1350-1850 мм
• Колея передняя: 1800–2100 мм
• Вес, готовый к работе: 3770 кг
• Колеса сзади: 15.5R38 AS
• Шины передние: 9.00-20 AS

литература

• Уве Мите: фотоатлас дорожного движения ГДР. GeraMond Verlag GmbH, Мюнхен, 2008 г., ISBN 978-3-7654-7692-1.
• Кристиан Зур, Ральф Вайнрайх: ГДР тракторная классика. Weltbild-Verlag, лицензионное издание 2011 г., ISBN 978-3-8289-5414-4.
• Хорст Хинтерсдорф: компас типа . Импорт тракторов и сельскохозяйственной техники в ГДР из стран СЭ , Motorbuch Verlag, 1st edition 2006.Уве Симер: Тракторы из Советского Союза. Хроника от истоков до 1990 года. с. 110.
• ↑ Страница на МТЗ-80 с пометкой о количестве построенных единиц (Памятка от 7 февраля 2016 г. в Интернет-архиве ) (рус.)
• ↑ Личная страница с количеством единиц и примечанием к «окончание производства» старой версии в 1995 г. (рус.)
• ↑ Текущий ассортимент производителя тракторов на базе МТЗ-80 и МТЗ-82 (англ.)
• ↑ Список старых модификаций МТЗ-80 и др. информация
• ↑ Сайт производителя МТЗ-80.1 с техническим паспортом (на английском языке)

Веб-ссылки

Мы благодарим Мюррея Стюарта (MRC LMB, Кембридж) за этот пример.

Для этого руководства также требуется Coot , который не распространяется с Phenix; см. здесь подробные сведения о получении Coot и использовании его с Графический интерфейс Phenix.

Это руководство предназначено для пользователей, которые совершенно не знакомы с макромолекулярная кристаллография и / или Phenix. В нем изложена процедура решение структуры путем молекулярного замещения, выполнение начального уточнения, и перестраиваем структуру в Coot.Поскольку задействованная структура (Мутант Ran-GDP R76E) относительно небольшое и умеренное разрешение, он может быть значительно улучшился в разумные сроки без особого труда. Сначала вам следует прочитать документацию по графическому интерфейсу Phenix. перед запуском этого руководства. Мы также рекомендуем прочитать молекулярную обзор замены и документация для графических интерфейсов Xtriage и phenix.refine.

Как и в случае с другими наборами учебных данных Phenix, вы можете автоматически настроить проект с необходимыми файлами из графического интерфейса; пример будет указан в Категория «Молекулярная замена» примерного меню.

Для этого проекта будет три входных файла: экспериментальные данные и R-free флаги (формат MTZ), RanGDP дикого типа, используемый в качестве модели поиска для MR (формат PDB) и последовательность (формат FASTA).

Этот шаг не является обязательным для решения структуры, но рекомендуется для любого набора данных, с которым вы не знакомы, особенно если вы не уверены, можно ли и / или как решить эту структуру. Запустите Xtriage, щелкнув значок в разделе «Инструменты отражения» на главном экране. GUI.В качестве входных данных для этого примера используются только файлы MTZ и FASTA ( Опция «Ссылка на файл PDB» применима только к моделям, которые уже были правильно размещены и уточнены по данным).

После ввода файлов нажмите кнопку «Выполнить», чтобы запустить Xtriage. В программа должна завершиться через несколько секунд. Найдите время, чтобы просмотреть вкладки результатов и ознакомьтесь со статистикой, представленной здесь. С это качественные данные, нет ничего, что требует особой обработки.(Обычно мы рекомендуем использовать исходную интенсивность — в идеале без объединения — для Xtriage, но поскольку для этого набора данных доступны только амплитуды, они могут будет использоваться вместо этого.) Обратите внимание, что в зависимости от последовательности Xtriage имеет (правильно) предположил, что только одна копия присутствует в асимметричном блоке (ASU) кристалл.

Для построения структуры мы будем использовать простой графический интерфейс Phaser-MR, которая должна быть первой программой в категории «Молекулярная замена». Этот интерфейс подходит для структур, где нам нужно использовать только один поисковая модель.Все три файла (MTZ, PDB и FASTA) должны использоваться в качестве входных. (Последовательность не обязательна; вместо этого мы можем ввести ожидаемую молекулярную массу или пусть Phaser угадывает на основе ансамбля, но это безопаснее и проще предоставить подробную информацию.)

Обратите внимание, что всякий раз, когда у вас есть поле для имени файла, будет увеличиваться значок стекла в той же строке (в графических интерфейсах, таких как Xtriage, это будет отдельный кнопка). Щелкните этот значок, чтобы просмотреть основную информацию о содержимом файл (или для текстовых файлов открыть в редакторе).Панель для файла PDB будет выглядят так:

Для файла отражения каждый массив данных будет иметь отдельную панель, и вы можете в раскрывающемся меню выберите массив для просмотра:

Если щелкнуть лупу правой кнопкой мыши, откроется меню с дополнительными параметрами; позже в этом руководстве вы отредактируете файл PDB таким образом.

В поле «Идентификатор последовательности» введите «99» (модель поиска отличается последовательность только одним остатком, хотя некоторые локальные конформационные различия существуют.) Все остальные настройки можно оставить по умолчанию для этого запуска. Снова нажмите «Выполнить», чтобы запустить Phaser; это должно занять несколько минут. Ты может наблюдать за окном состояния, чтобы увидеть, как происходит замещение молекул; рекомендуем ознакомиться с выводом журнала.

Phaser откроет новую вкладку с результатами, когда работа будет завершена. Есть несколько очевидных ключей к разгадке того, что размещение и фазировка модели были успешно:

• LLG (логарифм правдоподобия) высокий и положительный.Это по сути мера вероятности решения. (Отрицательные баллы почти всегда означает, что MR не удалось.)
• TFZ (Z-оценка функции перевода) значительно превышает 8 (пороговое значение). выше которого подавляющее большинство решений верны). Это указывает отношение сигнал / шум решения.
• Хотя не отображается на этой вкладке, R-фактор после уточнения значительно ниже порога случайного совпадения между F-obs и F-calc.Вы можете найти это в выводе журнала на вкладке состояния, если прокрутите вверх (ищите «RVAL» в разделе «Таблица уточнения»). Обратите внимание, что R-фактор, превышающий случайный, не может рассматриваться как индикатор того, что MR потерпел неудачу, так как правильные решения очень часто будут обладать этим свойством (но сразу улучшаю по ходу полная доработка).

В это время вы можете нажать «Открыть в Coot», чтобы просмотреть модель и рассчитанные карты. пользователя Phaser. Однако на этом этапе качество карты будет плохим, поэтому стоит вносить какие-либо изменения в модель до завершения доработки.

Вы можете запустить phenix.refine прямо из Phaser, нажав кнопку с надписью «Запустить phenix.refine». Это загрузит вывод модель и файл МТЗ; вы также должны ввести последовательность (на самом деле она не используется при уточнении, но проверка после уточнения будет проверять наличие ошибок последовательности в модели).

Должны быть загружены соответствующие метки столбцов и информация о симметрии. вы автоматически. Вам следует посмотреть на параметры в «Настройках уточнения». вкладка, чтобы получить представление о возможностях phenix.уточнять; однако для этого структура настройки по умолчанию будут в порядке.

После начала уточнения будет добавлена ​​новая вкладка с двумя вложенными вкладками для вывод журнала и общее состояние. Вам следует ознакомиться с журналом вывод, особенно потому, что он дает некоторое представление о том, как уточнение выполняется в Phenix, но для повседневного использования достаточно графического представления.

Если вы используете Phenix с настройками по умолчанию и у вас установлен Coot, Графический интерфейс запустит Coot с текущей моделью, а карты будут постоянно обновляться.(Ты можно отключить это в настройках уточнения предпочтений.) R-факторы должны начать улучшаться сразу после уточнения; оба R-работают и R-free значительно упадет. (Обратите внимание, что R-free изначально ниже, чем R-работа, потому что структура ранее не была уточнена в соответствии с этим набором данных; это довольно распространено для конструкций, решаемых MR.) Геометрия также должна немного улучшиться. К третьему циклу улучшений становится меньше и R-свободный будет сходиться около 0,30; структура, вероятно, могла бы извлечь выгоду из еще пара циклов, но ясно, что потребуется ручное вмешательство, и карты теперь должны быть намного лучше.

(Обратите внимание, что в зависимости от операционной системы и версии Phenix вы при использовании, полученные вами статистические данные могут не точно совпадать с показанными здесь; это нормально и не вызывает беспокойства, если разница не велика.)

После уточнения появится еще несколько вкладок, отображающих сводку результаты плюс ряд показателей валидации. Отображается список выходных файлов. на первой из этих вкладок вместе с кнопками для запуска Coot или PyMOL.Ты теперь следует нажать кнопку Coot, чтобы просмотреть окончательную доработанную модель и карты.

Начинающим кристаллографам стоит посмотреть структуру остаток за остатком, но большая часть конструкции уже будет построена правильно. Страницы проверки дают нам некоторое представление о том, какие регионы наиболее проблематично, как с точки зрения геометрии, так и свойств атомов и карт. В частности, на странице корреляции в реальном пространстве перечислено несколько остатков с плохой коэффициент корреляции (КК) с электронной плотностью:

Обычно CC ниже 0.8 вызывает беспокойство; в отличие от других вариантов использования этого показателя, даже остатки наихудшего соответствия никогда не будут иметь отрицательной корреляции. В этой модели подозрительные остатки сгруппированы в нескольких ключевых регионах, которые могут быть визуализируется с помощью многокритериального графика (который также отображает геометрию выбросы):

Если щелкнуть любую часть этой диаграммы или любой элемент в списке, Остаться на указанном остатке. А пока мы сосредоточимся на цикле от Val 137 до Arg 140, который имеет очевидно претерпел конформационное изменение:

Хотя мы можем попытаться перетащить остатки в нужное место, это часто проще (и поучительнее!) просто удалить их и перестроить из царапать.Это дает дополнительное преимущество, заключающееся в том, что мы можем рассчитать новую карту пропусков, что должно быть более четким, если удалить неправильные остатки. Удалить четыре остатки и сохраните отредактированную модель. Вернитесь к Фениксу и в раздел «Карты» в категории основного графического интерфейса нажмите «Рассчитать карты». Загрузите файл MTZ и редактировал модель от Coot. Вы должны указать префикс файла, который четко указывает цель карт. Все остальные варианты можно оставить в покое, так как нам нужны только коэффициенты карты по умолчанию.

Расчет карт должен занять всего несколько секунд; по завершении новая вкладка появится кнопка для загрузки результатов в Coot (вместе с моделью используется для фазирования).Сначала вы должны удалить загруженные в данный момент объекты из Кут, так как теперь они избыточны. (В качестве альтернативы вы можете закрыть Coot полностью после сохранения отредактированной модели, так как она будет перезапущена Phenix при необходимости.) Плотность удаленной петли должна теперь будьте намного яснее. Чтобы восстановить, следуйте этой общей схеме:

• Нажмите кнопку «Добавить остаток» на панели инструментов (она находится под кнопки изменения; значок — остаток аланина со знаком плюс), затем щелкните остаток C-конца, к которому вы хотите добавить (в данном случае, Иль 136).
• Coot разместит новый остаток Ala; исходное местоположение может быть неверным, но вы можете использовать кнопку «Повернуть / Перевести зону / цепочку / молекулу», чтобы перетащите его примерно в правильное положение. Затем вы можете использовать Кнопка «Мутировать и автоподбор», чтобы изменить его на правильный тип остатка. (в данном случае Val; остальная часть цикла — это FHR).
• Очень важно : каждый раз, когда вы добавляете остаток, вы должны запускать Функция «Зона уточнения реального пространства», выбирая примерно четыре остатка рядом с целью.Это исправит любые геометрические ошибки и обычно также улучшает соответствие карте. Если вы не запустите это, но вместо этого продолжайте добавлять остатки, искажения в модели сделают ее сложнее разместить и уточнить каждый последующий остаток. Геометрия не обязательно быть идеальным на этом этапе, так как вы всегда будете бегать еще один раунд полной доработки после восстановления, но он не должен отображаться любые очевидные ошибки.

Когда вы закончите, модель должна выглядеть примерно так:

У модели есть еще несколько проблем, но мы пропустим некоторые из них. экономить время.Однако сначала интересующая мутация в этой структуре нужно сделать; в Phenix, если вы включили файл последовательности, проверка вывод будет включать проверку последовательности, которая помечает Arg76 как несоответствие. Этот можно исправить с помощью функции Coot «Mutate and AutoFit».

На этом этапе вы должны снова сохранить текущую модель и вернуться в Phenix.

Снова откройте phenix.refine и загрузите исходные файлы MTZ и FASTA, а также последний файл PDB от Coot. Еще одна проблема, которую мы еще не исправили: заполнение GDP и атомов магния было сброшено до нуля Phaser (это будет отмечено в разделе «Атомарные свойства» результаты предыдущей проверки).Phenix предоставляет простой редактор для управления содержимое файлов PDB; щелкните правой кнопкой мыши увеличительное стекло рядом с PDB-файл в списке входных файлов phenix.refine и выберите «Изменить структуру».

В редакторе нажмите кнопки со стрелками, чтобы открыть представление в виде дерева, и выберите группы атомов магния и GDP (удерживайте нажатой клавишу Shift, чтобы выбрать более один). Нажав кнопку «Изменить» на панели инструментов или щелкнув правой кнопкой мыши выбранные атомы, откроет меню с опцией для установки занятости.Выбирать это и введите занятость 1 в появившемся окне, затем нажмите «Хорошо». Сохраните модель и выйдите из редактора; измененный файл PDB теперь должен иметь заменил модель от Coot.

Мы все еще можем использовать настройки уточнения по умолчанию, но на этот раз будет полезно разместить атомы растворителя, поэтому вы должны проверить «Обновить воды» кнопка. R-факторы в начале уточнения уже должны быть значительно ниже из-за исправленных заселенностей и восстановленных остатков, но доработка снова упадет им еще на несколько процентов.

Стоит попробовать доделать конструкцию и поправить все оставшееся ошибок, но если вы выполнили все эти шаги правильно, R-free может уже быть сопоставимым с первоначально опубликованной структурой.

Phenix отслеживает различную информацию о каждом задании, выполняемом через графический интерфейс, который можно получить через панель истории заданий в главном окне. Если у вас есть завершив шаг 4, он должен выглядеть примерно так:

Выберите задание и нажмите кнопку с надписью «Показать подробности», чтобы просмотреть статистику и входные и выходные файлы для работы.Вы также можете ввести дополнительные примечания, если вы желание. Интерфейс истории заданий также позволяет вам пометить задание как сбой или удалить его полностью (включая выходной каталог, если он есть). Двойной щелчок задание (или нажав кнопку восстановления либо в виде списка, либо в информации о задании панель) перезагрузит результаты и конфигурацию.

Есть несколько других способов использовать этот набор данных, чтобы узнать о Phenix:

• Advanced Phaser : вы можете использовать полный графический интерфейс Phaser-MR вместо простой; это графический интерфейс, который вам понадобится, если структура содержит несколько разных компонентов и / или вам нужно больше контроля над тем, как поиск выполняется.(Время: несколько минут)
• Фитинг лиганда : вместо сброса занятости для GDP и MG вы вместо этого можно удалить эти остатки и запустить LigandFit разместить ВВП на карте разницы. (Время: около 10 минут, меньше, если доступно несколько процессоров.)
• AutoBuild : вы можете позволить Phenix перестроить структуру за вас в AutoBuild. Попробуйте поставить «перестроить на место» в обе стороны; True или Auto переместит существующие атомы без добавления или удалив любой, False построит совершенно новую модель.(Время: несколько часов, в зависимости от количества процессоров.)
• Расширенное уточнение : попробуйте поэкспериментировать с настройками в phenix.refine, чтобы понять, как они влияют уточнение. Имитация отжига может быть особенно интересной. (Время: от нескольких минут до ~ 1 часа, в зависимости от опций и количества процессоров.) Если вы продолжите перестраивать структуру после второй доработки, вы следует использовать более консервативную стратегию, плюс атомы водорода и TLS.

Кент, Х.М., Мур, М.С., Куимби, Б.Б., Бейкер, А.М., Маккой, А.Дж., Мерфи, Г.А., Корбетт, А.Х., Стюарт, М. Сконструированные мутанты в переключатель II цикла Ran определяет вклад ключевых остатков в взаимодействие с ядерным транспортным фактором 2 (NTF2) и роль этого взаимодействие в импорте ядерного белка. J Mol Biol. 1999 289: 565-77.

• На пути к автоматическому уточнению кристаллографической структуры с помощью phenix.refine. П.В. Афонин, Р.В.Гроссе-Кунстлеве, Н.Эколс, Дж. Дж. Headd, N.W. Мориарти, М. Мустякимов, Т. Тервиллигер, А. Уржумцев, П. Зварт, П. Адамс. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 68 , 352-67 (2012).
• MolProbity: все больше и больше справочных данных для улучшенной проверки структуры всех атомов. C.J. Williams, B.J. Hintze, J.J. Headd, N.W. Мориарти, В. Чен, С. Джайн, С. Присант М.Г. Льюис, Л.Л. Видео, Д.А. Киди, Л. Deis, I.I.I. Арендалл В.Б., В. Верма, И.С. Сноэинк, П.Д. Адамс, С.С. Ловелл, Дж. Ричардсон и Д.К. Ричардсон. Protein Science 27 , 293-315 (2018).

SEC.gov | Превышен порог скорости запросов

Чтобы обеспечить равный доступ для всех пользователей, SEC оставляет за собой право ограничивать запросы, исходящие от необъявленных автоматизированных инструментов. Ваш запрос был идентифицирован как часть сети автоматизированных инструментов за пределами допустимой политики и будет обрабатываться до тех пор, пока не будут приняты меры по объявлению вашего трафика.

Пожалуйста, объявите свой трафик, обновив свой пользовательский агент, включив в него информацию о компании.

Чтобы узнать о передовых методах эффективной загрузки информации с SEC.gov, в том числе о последних документах EDGAR, посетите sec.gov/developer. Вы также можете подписаться на рассылку обновлений по электронной почте о программе открытых данных SEC, включая передовые методы, которые делают загрузку данных более эффективной, и улучшения SEC.gov, которые могут повлиять на процессы загрузки по сценарию. Для получения дополнительной информации свяжитесь с opendata @ sec.губ.

Для получения дополнительной информации см. Политику конфиденциальности и безопасности веб-сайта SEC. Благодарим вас за интерес к Комиссии по ценным бумагам и биржам США.

Код ссылки: 0.5dfd733e.1631775633.75d32317

Дополнительная информация

Политика безопасности в Интернете

Используя этот сайт, вы соглашаетесь на мониторинг и аудит безопасности. В целях безопасности и обеспечения того, чтобы общедоступная служба оставалась доступной для пользователей, эта правительственная компьютерная система использует программы для мониторинга сетевого трафика для выявления несанкционированных попыток загрузки или изменения информации или иного причинения ущерба, включая попытки отказать пользователям в обслуживании.

Несанкционированные попытки загрузить информацию и / или изменить информацию в любой части этого сайта строго запрещены и подлежат судебному преследованию в соответствии с Законом о компьютерном мошенничестве и злоупотреблениях 1986 года и Законом о защите национальной информационной инфраструктуры 1996 года (см. Раздел 18 USC §§ 1001 и 1030).

Чтобы обеспечить хорошую работу нашего веб-сайта для всех пользователей, SEC отслеживает частоту запросов на контент SEC.gov, чтобы гарантировать, что автоматический поиск не влияет на возможность доступа других пользователей к SEC.содержание правительства. Мы оставляем за собой право блокировать IP-адреса, которые отправляют чрезмерное количество запросов. Текущие правила ограничивают пользователей до 10 запросов в секунду, независимо от количества машин, используемых для отправки запросов.

Если пользователь или приложение отправляет более 10 запросов в секунду, дальнейшие запросы с IP-адреса (-ов) могут быть ограничены на короткий период. Как только количество запросов упадет ниже порогового значения на 10 минут, пользователь может возобновить доступ к контенту на SEC.губ. Эта практика SEC предназначена для ограничения чрезмерного автоматического поиска на SEC.gov и не предназначена и не ожидается, чтобы повлиять на людей, просматривающих веб-сайт SEC.gov.

Обратите внимание, что эта политика может измениться, поскольку SEC управляет SEC.gov, чтобы гарантировать, что веб-сайт работает эффективно и остается доступным для всех пользователей.

Примечание: Мы не предлагаем техническую поддержку для разработки или отладки процессов загрузки по сценарию.

CCP4 Program Suite

CCP4 Program Suite

НАЗВАНИЕ

дм — пакет модификации плотности, выпуск 2.1, 04.04.00

ОБЗОР

дм HKLIN foo.mtz HKLOUT bar.mtz [ SOLIN foo.msk ] [ SOLOUT bar.msk ] [ NCSIN1 foo1.msk [ NCSIN2 … ]] [ NCSOUT foobar.msk ] [ VUOUT foobar.vu ]
[ввод по ключевым словам]

ССЫЛКА

• K. Cowtan (1994), Объединенный информационный бюллетень CCP4 и ESF-EACBM по кристаллографии белков, 31, стр. 34-38.

ОПИСАНИЕ

`dm ‘- это пакет, который применяет реальные ограничения по пространству на основе известных особенности карты электронной плотности белка с целью улучшения приблизительного фазировка получена из экспериментальных источников. Различная информация может быть применены, включая такие разнообразные элементы, как следующие (см. РЕЖИМ ключевое слово):

СОЛВ

Разглаживание растворителем (ссылка [8])

HIST

Отображение гистограммы (ссылка [9])

МУЛЬТ

Модификация с несколькими разрешениями

AVER

Усреднение NCS (ссылка [2], ссылка [6])

СКЕЛ

Скелетонизация (ссылка [1], ссылка [7])

SAYR

Уравнение Сейра (ссылка [5], ссылка [9])

В программе много схем продления фаз и фазовых режимы взвешивания / комбинирования, которые выбираются соответствующими выбор ключевых слов.Комбинированный режим определяется КОМБАЙНАМ. ключевое слово, если это ключевое слово опущено, программа запускается в возмущенно-гамма-режим.

Расчет масштаба и B-фактора для данных выполняется автоматически. Это выполняется путем сравнения с эмпирически полученной базой данных дисперсии карты при разных разрешениях и более надежен, чем обычный Wilson участок.

Усреднение некристаллографической симметрии может быть выполнено как для собственных и неправильные симметрии, и различные операции усреднения NCS могут быть наносится на разные части белка.(Спасибо Дэйву Шуллеру за его помощь в этом). Маски ввода могут быть в любом порядке сетки и оси. В в случае единственной области усреднения, если маска усреднения не введена, то маска может быть сгенерирована автоматически.

Скелетонизация выполняется с помощью алгоритма отслеживания керна Свансона (ссылка [7]). Этот быстрее, чем алгоритм Грира, и позволяет настраивать скелетонизацию параметры без пересчета каркаса. В результате скелетонизация расчет выполняется в основном автоматически.

`dm ‘РЕЦЕПТЫ

В качестве отправной точки я использовал следующие рецепты. Если доступно усреднение, использовать его и проработать не менее 10 циклов:

 SOLC 
РЕЖИМ РЕШЕНИЕ HIST MULT AVER
ОБЪЕДИНИТЬ ПЕРТ
NCYCLE 20
AVER REFI
 ...
ЛАБОРАТОРИЯ ...
ЛАБОРАТОРИЯ ...
 

Для вычислений усреднения при большом количестве фаз расширение, которое необходимо выполнить ( например, от 6,0 до 2,5 Å), используйте больше циклов и укажите схему продления фазы:

 SOLC 
РЕЖИМ РЕШЕНИЕ HIST AVER
ОБЪЕДИНИТЬ ПЕРТ
СХЕМА RES ОТ 6.0
NCYCLE 200
AVER REFI
 ...
ЛАБОРАТОРИЯ ...
ЛАБОРАТОРИЯ ...
 

или

Если усреднение недоступно, вы можете использовать NCYCLE AUTO для предотвратить фазовый сдвиг и перевес. В качестве альтернативы вы можете запустить расчет для большего количества циклов, но имейте в виду, что FOM будут сильно переоценен:

 SOLC 
РЕЖИМ РЕШЕНИЕ HIST MULT
ОБЪЕДИНИТЬ ПЕРТ
NCYCLE AUTO
ЛАБОРАТОРИЯ ...
ЛАБОРАТОРИЯ ...
 

ВСЕГДА следует использовать согласование ГИСТограммы. MULTi-разрешение модификация новая, но тоже стоит использовать.

Бесплатные индикаторы

Есть два бесплатных индикатора, которые может использовать `dm ‘. Первый — это модификация плотности Free-R (определяется так же, как и уточнение Free-R). Это рассчитывается в Free-Sim и Omit. режимы. К сожалению, хотя он и эффективен для уточнения, он плохой индикатор прогресса изменения плотности, однако он может быть во многих случаях используется для определения правильного энантиоморфа. Лучше индикатор (принадлежит Дж. П. Абрахамсу) является невязкой в ​​реальном пространстве без остатка.Это рассчитывается путем исключения двух маленьких сфер белка и растворитель из модификации плотности. Плоскостность растворителя сфера и гистограмма, совпадающая с белковой сферой, обеспечивают лучшее индикация прогресса.

ФАЙЛЫ ВВОДА / ВЫВОДА

HKLIN

Входной файл mtz — он должен содержать обычный (CCP4) асимметричный единица данных (см. САПР).

HKLOUT

Выходной файл mtz.

СОЛИН

Входная маска растворителя — отменяет автоматическое определение маски Ванга.Маска ввода может иметь любую сетку и порядок осей и может иметь любой размер. от белковой области одной асимметричной единицы до целой клетки.

В качестве альтернативы карта может быть введена в канал SOLIN. На этой карте любые точки сетки, установленные на 1,0, считаются белками, точки сетки установлены на 0,0 являются растворителями, и точки сетки, установленные на -1,0, не считаются ни тем, ни другим. Создав соответствующую маску ввода, можно выполнить растворение растворителя. выравнивание и сопоставление гистограмм без подавления плотности тяжелых атомов.

РЕШЕНИЕ

Выходная маска растворителя — это будет в сетке программы по умолчанию. порядок оси и будет охватывать всю элементарную ячейку.

NCSIN

Входные маски усреднения NCS — используются с опцией AVER. В маски ввода могут иметь любую сетку или порядок осей и могут охватывать один мономер или весь мультимер.

Если маска усреднения NCS не введена, программа вычислит ее. с автоматической процедурой, когда задействован только один домен.Маскирование Auto-NCS зависит от знания того, сколько мономеров образуют замкнутый группа симметрии. Это можно указать с помощью ключевых слов NCSMASK NMER, или программа попытается оценить это для простых случаев. Если вы этого не сделаете укажите значение, внимательно проверьте значение, оцениваемое программой.

NCSOUT

Если маска усреднения рассчитывается автоматически или уточненный (ключевое слово NCSMASK UPDATE) он может быть выведен в этом файле.

VUOUT

Когда присутствует некристаллографическая симметрия, ее элементы симметрии, я.е. ось и точки, можно визуализировать с помощью XtalView или O. Если за ключевым словом VUOUT следует файл « .vu », программа записывает файл, который можно использовать в XtalView для просмотра элементов NCS. Если за ключевым словом следует файл « .o », вывод можно визуализировать с помощью программа О. По умолчанию используются файлы .vu.

Использование dm после SHARP

SHARP, вероятно, лучший источник фазировки для модификации плотности. Однако, если вы хотите запустить dm после SHARP сначала следует отключить параметр Соломона.

Соломон производит отличные карты, и поэтому часто SHARP и Solomon вы не захотите использовать дм вообще. Однако Соломон плохо производит завышена оценка FOM (обычно 0,9 — 0,95), хотя они и не повредить карты, эффективно вывести из строя любую дальнейшую модификацию плотности (или, если на то пошло, любое поэтапное уточнение максимальной вероятности расчет).

(Поскольку FOM основан на оценке ошибки в фазах, высокий FOM означает, что фазы правильные и, следовательно, не должны могут быть изменены любой последующей процедурой.Таким образом, дальнейшая плотность модификация вряд ли изменит карты, а ML-доработка будет сильно смещен из-за ошибок на стартовых этапах.)

КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА

Вводится по ключевым словам. Доступные ключевые слова: СРЕДНИЙ, КОМБАЙН, СЕТКА, ЛАБОРАТОРИЯ, ЛАБОРАТОРИЯ, РЕЖИМ, NCSMASK, NCYCLE, БЕСПЛАТНО, РАЗРЕШЕНИЕ, МАСШТАБ, СХЕМА, СКЕЛ, SOLC, СОЛМАСК.

Кроме того, следующие необязательные ключевые слова управляют сбором данных. функциональность: PNAME , DNAME , ЧАСТНАЯ , USECWD , RSIZE , NOHARVEST

ОСНОВНЫЕ КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА

(SOLC и MODE обязательны)

РЕЖИМ [SOLV] [HIST] [MULT] [AVER] [SKEL] [SAYR] [NO ????] Выберите расчет для выполнения: СОЛВ Разглаживание растворителем (рекомендуется) HIST Отображение гистограммы (рекомендуется) МУЛЬТ Применение solv / hist с несколькими разрешениями (рекомендуется) AVER Усреднение некристаллографической симметрии (рекомендуется при наличии) СКЕЛ Скелетонизация SAYR Уравнение Сейра NOHIST Сопоставление гистограммы включено по умолчанию.Однако может существовать некоторые очень исключительные случаи, когда соответствие гистограммы нежелательно. Такие случаи должны быть сначала установлены тщательными испытаниями. с синтетическими данными или решенными структурами. Сопоставление гистограммы больше часто становится инвалидом по невежеству или суевериям. Он отключен добавление подключевого слова NOHIST. SOLC [СРЕДНИЙ ] = содержание растворителя для удаления накипи. Всегда вводите правильный содержание растворителя здесь для обеспечения правильного масштабирования .Чтобы разнообразить замаскированный объем, не изменяйте карту SOLC, а используйте SOLMASK FRAC ключевое слово. 0,0 = весь белок, 1,0 = весь растворитель. MEAN — используется для установки средней плотности для областей растворителя и белка. Это влияет масштабирование и изменение плотности. = средняя плотность в области растворителя. = средняя плотность в области белка. (по умолчанию 0,32, 0,43 электрона на кубический ангстрем) NCYCLE | АВТО Число выполняемых циклов расширения фазы. <цикл> = Количество циклов, в течение которых выполняется продление фазы. Используйте 10 циклов для быстрого результата попробуйте еще (20–100), но проверьте фактор свободного R. (Free-Sim Режим). АВТО = Запускать до тех пор, пока не перестанет уменьшаться остаток в реальном пространстве, затем останавливаться. Это используется в режимах комбинации Perturbation / Omit, когда нет доступно усреднение, и расчет выполняется для слишком большого количества циклов может вызвать фазовый сдвиг и перегрузку. (по умолчанию = 10) КОМБАЙН ПЕРТ | Опустить [NOCOMBINE] [ВОССТАНОВИТЬ ] ПЕРТ Используйте гамма-коррекцию возмущения для уменьшения смещения.Это рекомендуемый режим для всех расчетов, выбран по умолчанию. ОМИТ Используйте комбинацию исключения отражения для уменьшения смещения. Этот способ намного медленнее, чем режим возмущения, и вносит некоторый шум в карты, однако он позволяет рассчитать плотность модификация Free-R. Это слабый показатель (никак не сравнимый с доработка free-R), которая может быть полезна для определения правильного энантиоморф, но не подходит для выбора модификации плотности расчеты. НОКОМБИН Отключить комбинацию фаз. В случаях, когда есть сильные ограничения плотности (, например, 4+-кратное усреднение), это может быть полезно для Избегайте предвзятости на начальных этапах, особенно если это модель MR. ВОССТАНОВЛЕНИЕ — вес, который будет присвоен отсутствующим отражениям. восстановлен модификацией плотности. Рекомендуемое значение 0,0-0,2 с без усреднения, до 1.0 для усреднения высокого порядка.Восстановленный F’s May можно получить, назначив метку выхода FCDM. Если комбинированный набор брелоков и отсутствует Fcalc, он должен быть сгенерирован пользователем с помощью подходящая схема взвешивания. (по умолчанию: PERT, = 0) СХЕМА ВСЕ | АВТО | ВИЭ | MAG | FOM [[ОТ ] [FRAC ]] ВСЕ — Использовать все отражения для всего расчета. Обязательно для NCYCLE AUTO. (рекомендуется для большинства расчетов без усреднения). АВТО — выполнить фазовое расширение, используя комбинацию разрешающей способности, величина и FOM выбираются на основе того, как выглядит набор данных нравиться. Этот вариант также подберет разумное значение для . (альтернатива для расчетов без усреднения). РЭС — выполнить увеличение фазы с шагом разрешения, начиная с данные с низким разрешением. (рекомендуется для расчетов усреднения, когда необходимо выполнить большое увеличение фазы). Примечание: любой ввод информация о фазе за пределами начального предела разрешения будет включается в процессе расчета. МАГ — выполнить расширение фазы по величине, начиная с наибольшего размышления. ФОМ — выполнить удлинение фазы по шагам FOM, начиная с наилучшего фазированного данные. FRAC — часть входных данных для использования в качестве начального набора. ИЗ — устанавливает как долю данных в разрешении радиус сферы . (по умолчанию: ВСЕ или АВТО для БЕСПЛАТНОГО ОБЪЕДИНЕНИЯ) LABIN FP =.. SIGFP = .. [PHIO = .. FOMO = ..] [HLA = .. HLB = .. HLC = .. HLD = ..] [FDM = ..] [PHIDM = ..] [FOMDM = ..] [FREE = ..] Обычно вводятся только первые четыре столбца (FP, SIGFP, PHIO, FOMO). Однако, если у вас есть коэффициенты Хендриксона-Латтмана, вы можете ввести их также в программу (разница незначительна, за исключением SIR данные). Если вы хотите начать с конца предыдущей модификации плотности расчет, то используются столбцы PHIDM, FOMDM. FP = величина F SIGFP = стандартное отклонение, 0 для неизмеренного ФИО = наилучшая оценка начальной фазы ФОМО = вес, прикрепленный к PHIO HLA-HLD = Коэффициенты Хендриксона-Латтмана FDM, PHIDM, FOMDM = коэффициенты карты начальной карты, для которой изменение плотности применяется, e.грамм. из предыдущего расчета модификации плотности (фаза и вес) или коэффициенты разностной карты из SIGMAA (величина и фаза). FDM должен быть в том же масштабе, что и FP. БЕСПЛАТНО = флаг free-R (используется только если > 1) LABOUT FDM = .. PHIDM = .. FOMDM = .. [FCDM = .. PHICDM = ..] [HLADM = .. и т. д.] По умолчанию выводятся три столбца: величина, фаза и добродетель. Обычно карта рассчитывается с использованием FDM и PHIDM (не включайте вес FOMDM).В качестве альтернативы взвешенная карта с FP, PHIDM, FOMDM должны дать тот же результат, за исключением того, что восстановленные величины будут отсутствовать. FDM взвешенный (восстановленный) структурный коэффициент для расчета карты. PHIDM модифицированная фаза FOMDM Вес , прикрепленный к PHIDM FCDM PHICDM амплитуда и фаза из окончательной модифицированной карты до фазовой рекомбинации HLADM HLBDM HLCDM HLDDM модифицированные коэффициенты Хендриксона-Латтмана

РАСШИРЕННЫЕ / СРЕДНИЕ КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА

СРЕДНИЙ [ДОМЕН ] [REFI [ШАГ ] [EVERY ]] Установите оператор усреднения симметрии NCS.Эта карточка сопровождается ротацией / переводом матрицы в последующих строках в формате CCP4 или O / RAVE. Форматы CCP4 (см. Также программу `lsqkab ‘) ROTA EULER (углы Эйлера) TRAN или ROTA POLAR (Полярные углы) TRAN или МАТРИЦА ВРАЩЕНИЯ TRAN Формат O / RAVE OMAT r11 r21 r31 r12 r22 r32 r13 r23 r33 t1 t2 t3 (обратите внимание, что матрица вращения транспонирована относительно матрицы CCP4 формат) где x ‘= r11 x + r12 y + r13 z + t1 y’ = r21 x + r22 y + r23 z + t2 z ‘= r31 x + r32 y + r33 z + t3 Это операции, которые отображают плотность в покрываемом регионе. маской ввода на другие эквивалентные области.Первый оператор должна быть единичной матрицей. Маска вводится в формате маски CCP4 на метка входного файла NCSIN1. В случае неправильного ЧПУ маска должна закрывать просто мономер, при правильном использовании он может покрывать мономер или мультимер. В сетка маски не обязательно должна совпадать с сеткой программы. Если маска ввода не назначена, dm попытается сгенерировать ее. автоматически из корреляции локальной плотности, под контролем ключевое слово NCSMASK. После этого всегда проверяйте маску в подходящем графическая программа (используйте канал NCSOUT). Если вы хотите применить другие операции NCS к разным доменам белка, дайте набор карт AVER для каждого ДОМЕН с номером ДОМЕНА на каждой карте AVER (или первым для каждой домен). Маска ввода также требуется для каждого домена. ДОМЕН АВЕР Карты 1 соответствуют маске на NCSIN1, AVER DOMAIN 2 — на NCSIN2, и т.д. Маски должны быть определены в одном и том же мультимере в элементарной ячейке, или, по крайней мере, в непосредственной близости друг от друга. Карты REF, STEP и EVERY позволяют уточнять матрицы вращения NCS. между циклами усреднения.Карта REF позволяет уточнять конкретную набор параметров NCS. Обратите внимание, что карта STEP допускает различное уточнение. размеры шага могут использоваться для разных доменов, но все, кроме одного КАЖДОГО карта будет проигнорирована. Уточненные матрицы будут выписаны в конце файла журнала. = размер шага для уточнения позиционных параметров в Ангстреме. = размер шага для уточнения параметров вращения в градусах. = количество циклов увеличения фазы между каждым уточнением параметра. (по умолчанию = 0,5 A, = 2,5 градуса, = 3) См. также документ dm_ncs_averaging, NCSMASK [OVERLAP] [INVERT] [NMER <номер>] [ОБНОВЛЕНИЕ <цикл>] [ШАГ <шаг>] [АЛИМ ] [BMIN ] [CLIM ] [РАЗМЕР <размер>] [BFAC ] Управление ncs-матрицей, маскированием и автоматическим маскированием поведение.Карта OVERLAP принудительно удаляет перекрытие для всех масок NCS. Этот был режимом работы по умолчанию для старых версий `dm ‘, которые не поддержка мультимерных масок; его нельзя использовать, если маска NCS покрывает более чем один мономер. Обратите внимание, что статистика ncs-корреляции может быть меньше надежен при использовании мультимерной маски. Карта INVERT заставляет всех операторов симметрии быть инвертированным (инвертированным), таким образом, с этой картой оператор отображает из копирование, связанное с симметрией, обратно на замаскированную копию. Карты NMER, STEP, ALIM, BLIM, CLIM, SIZE и BFAC управляют автоматическим маскированием ncs. если маска усреднения не введена. NMER <номер> Число мономеров, связанных соответствующей симметрией. Это число автоматически вычисляется программой, но у пользователя есть возможность при необходимости внесите свой выбор. Например: в корпусе из 2-кратных несобственных узлов = 1. В случае 2-кратного собственно (, т.е. вращения) нкс, = 2.В случае 2-кратной оси ncs перпендикулярно 3-кратной кристаллографической оси, 6 копий молекулы будет подчиняться оператору ncs, поэтому = 6. Также, когда кристалл содержит замкнутую группу смешанных кристаллографических и некристаллографическая симметрия ( например, a 222 ncs с одной ncs 2-кратной и один кристаллографический 2-кратный), автоматическое определение мономеров может пойти не так. В таком случае пользователь должен проверить автоматическое присвоение чтобы убедиться, что программа работает правильно. ОБНОВЛЕНИЕ — Обновлять маску усреднения каждые циклов. Это позволяет маска ввода, которая должна быть уточнена после первых нескольких циклов, или для автозадача доработать. ШАГ <шаг> Грубость поиска маски усреднения ncs. Увеличение это значение ускорит расчет маски, уменьшение приведет к лучшая маска. Значения 2,3 или 4 реалистичны. АЛИМ Ограничения на пространство поиска, в котором должна формироваться маска.Эти необходимы, если ось ncs перпендикулярна краю ячейки, поэтому ncs отображает повтор ячейки на себя вдоль этой оси. В этом случае маска должен быть ограничен одним повторением в этом направлении, например, АЛИМ 0 1 или ALIM -0,5 0,5 устанавливает пределы по оси a. BLIM См. ALIM. Устанавливает пределы по оси B. КЛИМ См. CLIM. Устанавливает пределы по оси B. РАЗМЕР <размер> (обычно не требуется) Если процедура ncsautomask выдает ошибку нехватки памяти, поместите число больше 1 на этой карте. BFAC (обычно не требуется) Температурный коэффициент для сглаживания карты перед расчетом местного корреляция. По умолчанию: = 1, = 3, = 1, = 20. SOLMASK [ОБНОВЛЕНИЕ ] [FRAC ] [RADIUS ] [LIMITS ] Задайте параметры для расчета маски растворителя. ОБНОВЛЕНИЕ — Обновляйте маску растворителя каждые <циклы> циклов.Это позволяет маска ввода, которая будет уточнена после первых нескольких циклов. FRAC — используется для установки различных объемов маски, указанных выше для сопоставления гистограммы и разглаживание растворителем. = доля ячейки, которая должна быть замаскирована под растворитель. = фракция клетки, которая должна быть замаскирована под белок. Если + <1.0, то будет буферная область между растворителем и белком, которая не является гистограммой совмещенный или сплющенный растворителем.Эта функция позволяет неопределенным регионам быть ни сглаженным растворителем, ни с гистограммой. РАДИУС <радиус> <режим> <радиус> = радиус усредняющей сферы (Ангстремы) <режим> = 0: Использовать схему взвешивания w = константа (Сферический цилиндр) <режим> = 1: Использовать схему взвешивания w = 1- (r / R) ( Wang) = 2: Использовать схему взвешивания w = 1- (r / R) ** 2 Тяжелые атомы могут искажать процедуру расчета маски, что приводит к маска сфер вокруг узлов тяжелого атома. 3)

ДРУГИЕ КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА

Не используйте эти если вы действительно не знаете, что делаете.В таком случае тебе лучше имею лучшее представление о том, что вы делаете, чем я.

КОМБАЙН RPERT | ЭМПИРИЧЕСКИЙ | ГАММА <гамма> | FREE [SETS ] [WEIGHT ] RPERT Использовать гамма-коррекцию возмущений, зависящую от разрешения, для смещения снижение. Обычно в этом нет необходимости при плотности тока. модификации. COMBINE PERT уже включает в себя необходимые зависимость разрешения для MODE MULTI. ЭМПИРИЧЕСКИЙ Использовать эмпирическую гамма-коррекцию (ссылка [12]) ГАММА <гамма> Использовать гамма-коррекцию БЕСПЛАТНО Используйте комбинацию фаз Free-Sim. = количество раз каждый Шаг выполняется для получения статистики взвешивания свободного R и фазы. Для = 1 изменяющийся случайный набор отражений опускается. каждый цикл для фактора свободного R. Для = 2 выбран фиксированный набор (с использованием флага free-R, если доступно) и опущено для фактора свободного R, цикл выполняется в секунду. раз используя все отражения. Для > 2 ( -1) несколько наборов free-R сгенерировано, то в -й цикл включаются все отражения. Общее затраченное время пропорционально произведению этих двух значений. Используйте = 1 для больших структур, где время становится значительным. коэффициент, в противном случае используйте = 2. Используйте только > 2 для небольших структур, где статистика особенно плохая (< 5000 отражений). НАБОРЫ <числа> — количество свободных наборов, в которые будут помещены данные. быть разделенным.Они используются как в режимах Free-Sim, так и в режимах Reflection Omit. В режиме исключения отражения время расчета увеличивается пропорционально количество бесплатных наборов. ВЕС <куб.м> — это вес, применяемый к начальному этапу в фазе. комбинация. Обычно = 1, COMBINE NOCOMBINE подразумевает = 0 ( = 1, = 20) РАЗРЕШЕНИЕ Диапазон разрешения отражений, включаемых в расчет.Этот ключевое слово может использоваться для исключения части входных данных по разрешению отсечки. Как правило, это крайне не рекомендуется. (по умолчанию весь диапазон входного мтз файла) SKEL [ДЛИНА <соединение> <конец>] [ BFAC ] [КАЖДЫЙ ] Выполните итеративную скелетонизацию карты. Циклы скелетонизации чередуются с циклами обычного изменения плотности. <присоединиться> = длина скелета в Ангстремах / остаток для образования между плотностями пики. = длина скелета в Ангстремах / остаток для создания в конце заканчивается ». = температурный коэффициент, применяемый к карте с повышенной резкостью перед скелетонизацией. = применять скелетонизацию вместо каждой модификации -ой плотности цикл. (по умолчанию = 6.0 = 6.0 = 45 = 3) См. Также документ `dm_skeletonisation ‘.2. Масштабирование критически важно для гистограммы. отображение и уравнение Сэра. В некоторых случаях вы можете захотеть переопределить B-фактор, но сначала работайте без этой карты, и подумайте долго и тщательно, прежде чем изменение масштаба. БЕСПЛАТНО [SOLV ] [PROT ] Разрешить реальный остаток (подразумевается NCYCLE AUTO). Необязательно установить координаты и радиусы (в Ангстремах) сферических пятен плотности, где ограничения модификации плотности будут опущены чтобы обеспечить индикатор прогресса в реальном времени.Если или отрицательны, не содержит растворителей или белков. индикатор будет опущен. (по умолчанию: = 4.0 = 4.0, координаты выбираются из маски растворителя).

КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА ДЛЯ СБОРА ДАННЫХ

При условии, что указаны имя проекта и имя набора данных (либо явно или из файла MTZ) и предоставил NOHARVEST ключевое слово не задано, программа автоматически произведет сбор данных файл.Этот файл будет записан на $ HARVESTHOME / DepositFiles / <имя проекта> / <имя набора данных> .dm Переменная среды $ HARVESTHOME по умолчанию устанавливается пользователем. домашний каталог, но может быть изменен, например, на групповой проект каталог. При запуске программы через интерфейс CCP4 переменная $ HARVESTHOME по умолчанию соответствует каталогу PROJECT. PNAME <имя_проекта> Название проекта. В большинстве случаев это будет унаследовано от файла MTZ. DNAME <имя_набора данных> Имя набора данных. В большинстве случаев это будет унаследовано от файла MTZ. ЧАСТНАЯ Установите права доступа к каталогу на ‘700’, , т.е. на чтение / запись / выполнение для только пользователь (по умолчанию «755»). USECWD Записать файл депозита в текущий каталог, а не в подкаталог $ HARVESTHOME. Это может использоваться для отправки депозитных файлов из спекулятивных прогонов в локальный каталог вместо официального каталога проекта, или можно использовать когда программа запускается на машине без доступа к каталогу $ УРОЖАЙ. RSIZE <длина_строчки> Максимальная ширина строки в файле депозита (по умолчанию 80). должен быть от 80 до 132 символов. NOHARVEST Не выписывать депозитный файл; по умолчанию это делается при условии, что Project и имена наборов данных доступны.

СМОТРЕТЬ ВЫХОД

Могут быть сгенерированы два бесплатных индикатора. Модификация плотности Free-R рассчитывается в режиме COMBINE OMIT. Это слабый показатель (никоим образом не сравнимо с уточнением free-R), что может быть полезно в определении правильного энантиоморфа, но не подходит для выбора расчеты модификации плотности.

Ключевые слова NCYCLE AUTO или REALFREE позволяют вычислить невязки в реальном пространстве, которые предоставляют некоторую информацию при использовании в в сочетании со SCHEME ALL.

Выходные данные LogGraph, а также коэффициент свободного R дают некоторые информация о качестве и полноте входных данных, а также график данных соответствует стандартному набору данных белка.

Для расчетов с усреднением NCS корреляции рассчитываются между связанные области плотности.Они подытожены в конце файла журнала, и сообщения об ошибках или предупреждениях будут сгенерированы, если начальные значения слишком низкий: это хороший признак ошибок во входных матрицах или маске.

Также проверьте статистику маски усреднения. При использовании мономера маска, замаскированная фракция или ячейка, умноженная на количество мономеров / ASU умноженное на порядок кристаллографической симметрии, должно дать белку фракция. В случае мультимерной маски это уменьшается на размер мультимер.

АВТОР

Кевин Д. Каутан, факультет химии Йоркского университета
электронная почта: [email protected]

ССЫЛКИ

1. Бейкер Д., Быстрофф К., Флеттерик Р., Агард Д. (1994) Acta Cryst D49 429-439
2. Bricogne, G. (1974) Acta Cryst A30 395-405
3. Brunger, A. T. (1992) Nature 355, 472-474.
4. Cowtan K. D., Main, P. (1993) Acta Cryst D49 148-157
5. Sayre, D. (1974) Acta Cryst A30 180-184
6. Шуллер Д.(1996) Acta Cryst D52 425-434
7. Swanson, S. (1994) Acta Cryst D50 695-708
8. Ван Б.С. (1985) Методы энзимологии 115, 90-112
9. Zhang, K. Y. J., Main P. (1990) Acta Cryst A46 377-381
10. Абрахамс, Дж. П. (1995) Acta Cryst D51 371-376
11. К. Д. Каутан, П. Мэйн (1996) Acta Cryst D52 43-48
12. К. Д. Коутан (1999) Acta Cryst D55 1555-1567

СМОТРИ ТАКЖЕ

cad, lsqkab, xloggraph, dm_skeletonisation, dm_ncs_averaging

ПРИМЕРЫ

дм

 #
# [простой расчет растворителя / гистограммы]
#  dm hklin gmto.mtz hklout gmtodm.mtz << мои-данные
SOLC 0,35
РЕЖИМ РЕШЕНИЯ СПИСОК
ОБЪЕДИНИТЬ ПЕРТ
NCYCLE 10
LABIN FP = FP SIGFP = SIGFP PHIO = PHIB FOMO = FOM
ЛАБОРАТОР PHIDM = PHI1 FOMDM = W1
мои данные  #
# [более точный расчет растворителя / гистограммы / множителя]
# [использует NCYCLE AUTO для завершения перед смещением фазы]
# [устанавливается, уменьшение смещения с использованием гамма-возмущения]
#  dm hklin gmto.mtz hklout gmtodm.mtz << мои-данные
SOLC 0,35
РЕЖИМ РЕШЕНИЕ HIST MULT
ОБЪЕДИНИТЬ ПЕРТ
NCYCLE AUTO
СХЕМА ВСЕ
LABIN FP = FP SIGFP = SIGFP PHIO = PHIB FOMO = FOM HLA = HLA HLB = HLB HLC = HLC HLD = HLD
ЛАБОРАТОРИЯ PHIDM = PHI1 FOMDM = W1
мои данные  #
# [расчет типа молекулярного замещения]
# [sigmaa используется для создания FOM для]
# [Fcalc, PHIcalc]
#  sigmaa hklin gmto_sfall.mtz hklout gmto_sigmaa.mtz << eof
частичный
лабин FP = FP SIGFP = SIGFP FC = FCmolr PHIC = PHICmolr
eof  dm hklin gmto_sigmaa.mtz hklout gmtodm.mtz << мои-данные
SOLC 0,35
РЕЖИМ РЕШЕНИЯ СПИСОК
ОБЪЕДИНИТЬ ПЕРТ
NCYCLE 10
LABIN FP = FP SIGFP = SIGFP PHIO = PHICmolr FOMO = WCMB
мои данные  #
# НЕКРИСТАЛЛОГРАФИЧЕСКОЕ УСРЕДНЕНИЕ СИММЕТРИИ
# [Расчет трехкратного усреднения]
# [Это также можно сделать в отражении]
# [пропустить режим, если у вас достаточно времени]
#  dm hklin chmimir.mtz hklout dmchm.mtz
 ncsin1 chmi.мск
 << МОИ-ДАННЫЕ
SOLC 0,52
NCYC 10
РЕЖИМ РЕШЕНИЕ HIST AVER
ОБЪЕДИНИТЬ ПЕРТ
AVER REFI
РОТА ПОЛЯРНЫЙ 0,0 0,0 0,0
ТРАНС 0,0 0,0 0,0
AVER REFI
РОТА ПОЛЯРНЫЙ 113.28130 103.41944 120.33858
ТРАНС 43.635 38.059 62.726
AVER REFI
РОТА ПОЛЯРНЫЙ 66.58067 -76.78019 119.69176
ТРАНС 82.989 15.401 -8.928
LABI FP = F SIGFP = SIGF PHIO = PHIB FOMO = FOM HLA = HLA HLB = HLB HLC = HLC HLD = HLD
LABO PHIDM = PHIDM FOMDM = FOMDM
КОНЕЦ
МОИ ДАННЫЕ  #
# НЕКРИСТАЛЛОГРАФИЧЕСКОЕ УСРЕДНЕНИЕ СИММЕТРИИ
# [Расчет трехкратного усреднения с]
# [крайнее удлинение фазы  e.грамм.  8,0 - 3,0Å]
# [необходимо делать более осторожно, следовательно]
# [Карточки NCYC и SCHEME]
#  dm hklin chmimir.mtz hklout dmchm.mtz
 ncsin1 chmi.msk << МОИ-ДАННЫЕ
SOLC 0,52
РЕЖИМ РЕШЕНИЕ HIST AVER
ОБЪЕДИНИТЬ ПЕРТ
СХЕМА RES ОТ 8.0
NCYC 1000
AVER REFI
РОТА ПОЛЯРНЫЙ 0,0 0,0 0,0
ТРАНС 0,0 0,0 0,0
AVER REFI
РОТА ПОЛЯРНЫЙ 113.28130 103.41944 120.33858
ТРАНС 43.635 38.059 62.726
AVER REFI
РОТА ПОЛЯРНЫЙ 66.58067 -76.78019 119.69176
ТРАНС 82.989 15.401 -8,928
LABI FP = F SIGFP = SIGF PHIO = PHIB FOMO = FOM
LABO PHIDM = PHIDM FOMDM = FOMDM
КОНЕЦ
МОИ ДАННЫЕ  #
# НЕКРИСТАЛЛОГРАФИЧЕСКАЯ СИММЕТРИЯ С УСРЕДНЕНИЕМ С АВТОМАСКОЙ
# [Расчет трехкратного усреднения. Без усреднения входных данных]
# [маска обязательна, ключевое слово NCSMASK NMER]
#[ добавлен. Маска периодически обновляется. ]
#  dm hklin chmimir.mtz hklout dmchm.mtz
 << МОИ-ДАННЫЕ
SOLC 0,52
NCSMASK NMER 3 ОБНОВЛЕНИЕ 4
NCYC 10
РЕЖИМ РЕШЕНИЕ HIST AVER
ОБЪЕДИНИТЬ ПЕРТ
AVER REFI
РОТА ПОЛЯРНЫЙ 0,0 0,0 0,0
ТРАНС 0.0 0,0 0,0
AVER REFI
РОТА ПОЛЯРНЫЙ 113.28130 103.41944 120.33858
ТРАНС 43.635 38.059 62.726
AVER REFI
РОТА ПОЛЯРНЫЙ 66.58067 -76.78019 119.69176
ТРАНС 82.989 15.401 -8.928
LABI FP = F SIGFP = SIGF PHIO = PHIB FOMO = FOM
LABO PHIDM = PHIDM FOMDM = FOMDM
КОНЕЦ
МОИ ДАННЫЕ  #
# МНОГОФУНКЦИОНАЛЬНОЕ СРЕДНЕЕ
# [расчет двукратного усреднения]
# [два домена и уточнение 2-го]
# [набор матриц усреднения. ]
# [ВНИМАНИЕ: ЕСЛИ ВЫ НЕ ЗНАЕТЕ, ЧТО МУЛЬТИ-]
# [DOMAIN AVERAGING IS, ВАМ НЕ НУЖНО]
#  dm hklin hpattj.мтз hklout dm1.mtz
 ncsin1 cwnads.mask ncsin2 cwglobs.mask
 << EOF-dm
SOLC 0,57
РЕЖИМ РЕШЕНИЕ HIST AVER
NCYCLE 40
СРЕДНИЙ ДОМЕН 1
OMAT
 1,0 0,0 0,0
 0,0 1,0 0,0
 0,0 0,0 1,0
 0,0 0,0 0,0
СРЕДНИЙ ДОМЕН 1
OMAT
 -0,71389002 -0,69492584 0,08611962
 -0,69635397 0,672 -0,1
06
 0,07357326 -0,19652288 -0,97735721
 115.37364197 54.98566055 67.00005341
СРЕДНИЙ ДОМЕН 2 УЛУЧШЕНИЕ
РОТА-МАТРИЦА 1,0 0,0 0,0 -
 0,0 1,0 0,0 -
 0.0 0,0 1,0
ТРАНС 0,0 0,0 0,0
СРЕДНИЙ ДОМЕН 2 УЛУЧШЕНИЕ
МАТРИЦА РОТА 0,75830859 0,65183645 0,00883542 -
 0,65189570 -0,75824565 -0,00975925 -
 0,00033828 0,01316060 -0,999 ТРАНС 17.30371666 -47.10081482 68.99727631
LABIN FP = FP SIGFP = SIGFP PHIO = PHIml FOMO = FOMml HLA = HLA HLB = HLB HLC = HLC HLD = HLD
LABOUT PHIDM = PHIDM FOMDM = FOMDM
EOF-dm  #
# ПРИМЕЧАНИЕ. Если вы не знаете, что такое многодоменное усреднение,
# вам это не нужно. Используйте пример усреднения ncs, а не
# пример с несколькими доменами.